Was die Weisungsbefugnis angeht, würde ich persönlich es so halten, wie es z. B. in unserer Zeit auch läuft. Es gibt die reguläre Schiffsbesatzung, die für den Betrieb des Schiffes zuständig ist. Und es gibt die Gruppe von Spezialisten (u. a. die Helden), welche für die Mission als solche notwendig sind. So lange es um die Führung des Schiffes geht, haben die Spezialisten schlicht keine Befehlsgewalt. Punkt. Selbst, wenn es sich um adlige Kapitäne handeln sollte. Die Führung des Schiffes (der Schiffe) liegt bei den dafür angeheuerten Kapitänen und Offizieren und bei keinem sonst. Diese NSCs sind im Namen von Amöbe Horas an Bord und gegen deren Bestimmungen hat maximal noch Praios was zu sagen.

Die Helden erhalten also - wenn sie integriert werden - eine untergeordnete und
erg
änzende Funktion. (Ansonsten müssten sie auch dauernd an Bord bleiben, den Betrieb des Schiffes sicher stellen und könnten nicht die ganzen Zusatzaktionen unternehmen.

)
Sobald es um die zusätzliche Mission geht, ändert sich das Bild. Natürlich besteht das gleiche Problem, wie bei dem wahren König der Meere und seiner Wettfahrt. Eigentlich hat Asleif das Kommando, aber die Spieler sollen die Entscheidungen treffen ... also werden die Helden zu Beratern Harikas und der anderen NSCs und je besser sie etwas begründen können (Erfahrungen, SO, CH, TaW, Spielereinsatz etc.) desto eher pflichtet Harika ihnen bei und so eher läuft es so, wie die Helden es vorschlagen.
Ich persönlich würde die Helden also gar nicht erst in das fertige System des Schiffes einbauen, sondern sie parallel laufen lassen, damit sie jederzeit als Joker agieren können und ausreichend Freiraum an Bord haben. Helfen ist jederzeit in Ordnung, aber feste Pflichten behindern mMn den Spielfluss. Das muss aber im Zweifelsfall jede Gruppe für sich selber festlegen ...
... und genau das ist der Grund, warum es im AB nicht fest gelegt wurde. Es gibt eine Myriade an Möglichkeiten, welche Sorten von SCs das AB bespielen. Das potenzieren wir mal mit der Anzahl an Spielertypen und wiederholen das mit den verschiedenen Vorlieben von Gruppen ... und kommen so auf Seitenzahlen, die man für derartige Festlegungen gebraucht hätte, die schlicht nicht möglich waren. Wenn ich mich richtig erinnere, war es auch gar nicht erwünscht, sowas festzulegen, also von Verlagsseite. Im Buch gibt es einige Tipps, wie man die Helden in den Schiffsbetrieb einbaut und der Rest ist - mal mehr, mal weniger leider - Meister- und Gruppenentscheidung.