So, da ich gerade Versuche eine grobe Rezension zu schreiben, nun meine Vorschläge für deine Probleme:
1.Die zweite Siedlung scheint im Abenteuer wirklich nicht erwähnt zu werden. Würde ich als Bauerndorf ansetzen, während in der Stadt eben Priester, Soldaten, Beamte und ihr Gefolge leben. Dann kann man auch gleich so einen schönen Gegensatz zwischen den ärmlichen Bauern und der prunkvollen Tempelstadt einbauen.
2. Das Alientürrätsel: Ich weiß nicht ob ich das so übernehmen werde. Ich glaube da passt besser ein Freimaurer-Fluchttunnel. Sollte mit Google nicht schwer sein da ein passendes Rätsel zu finden. Wer die ganze Geschichte vielleicht in einer Phobos(?)-Kampagne einbauen will soll es gerne tun. Wenn die Spieler wirklich alle Knöpfe gleichzeitig drücken wollen, gerne. Ich würde ihnen aber, wenn sie nicht selber drauf kommen, erzählen das solche alten Kammern oftmals mit Fallen versehen sind

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3. Massenkampfregeln fehlen. Aber Massenkampf ist eigentlich auch nicht nötig. Finde den vorgeschlagenen Lösungsweg mit der Schlacht einfach schlecht (das ist einer der Punkte wo man das Abenteuer vielleicht hätte anpassen sollen statt stur zu übersetzen...). Eher ein Kommandounternehmen gegen die Bischof oder so was.
4. Der Desintegrator soll ja, laut Abenteuer, nur einen Schuss abgeben können, dann sind die uralten Batterien erschöpft. Das finde ich ganz okay. Persönlich würde ich wohl die Höhle nach dem Desintegratorschuss auch noch einstürzen lassen. D.h. die Spieler müssen schnell raus, oder sterben. Dadurch wäre die Maschine ausgeschaltet.
Selber habe ich bisher nur das erste Abenteuer geleitet. Da kann ich auch ein paar Tipps geben, die meiner Meinung nach hilfreich sind:
-Captain Blackstone ist eigentlich überflüssig. Wenn ein irgendwie passender Charakter dabei ist um das Kommando über die Soldaten zu übernehmen, ist es ein NSC weniger zu verwalten.
-Die Lancer sollten Natürlich Gewehre haben, keine Bögen
-Bei den Hügelmarsianern kann keiner irgendeine allgemeine Sprache. Das macht das Abenteuer eigentlich unspielbar. Lasst zumindest die 3wichtigsten (Häuptling, sein Sohn, und Schamane) Koline sprechen und vielleicht auch die restlichen Stammesmitglieder zumindest das ein oder andere Wort verstehen. Damit haben die Spieler viel mehr Gelegenheit zur Interaktion.