Das Problem, dass Anfangswerte andere Kosten haben als entwickelte Werte, hast Du bei vielen Systemen und ist durchaus so gewollt. Damit soll der Tatsache Rechnung getragen werden, dass es eben Supertalente gibt, die in einer Fertigkeit schon am Anfang richtig gut sind, während andere viel Fleiß (CP) brauchen, um durch hartes Training auf dasselbe Niveau zu kommen. Auf diese Weise kannst Du Deinem Charakter schon am Anfang eine Spezialisierung geben, ohne dass die soviel kostet.
Bei D6 hattest Du z. B. am Anfang 18 Würfel, die Du auf 6 Attribute verteilen durftest, wobei die Würfel auch geteilt werden durften (für einen Würfel konnte man +3 auf verschiedene Attribute verteilen) Anschließend hatte man glaube ich 20 Punkte die man 1:1 in Fertigkeitssteigerungen setzen durfte, wobei ein +3 automatisch einen neuen Würfel ergab. Dabei war es völlig irrelevant, wieviele Würfel man bereits für den Wurf hat, jeder investierte Punkt gab +1. Später im Spiel hingegen kostete eine Steigerung der Fertigkeit so viele CP wie der neue Wert an Würfeln hat (also, von 3W+1 auf 3W+2 kostet 3 CP, von 4W+2 auf 5W kostet 5 CP etc.) Von daher war es auch effizient, die Werte, die man hoch haben will, schon gleich am Anfang zu steigern und mit der Erfahrung den billigen Fitzelkram, den man sonst noch braucht.
Anderes Beispiel: Ars Magica. Bei der Charaktergenerierung kann man Zaubersprüche lernen, deren Grad bis zu 10 über Technik+Form liegen. Wenn man später im Spiel Sprüche lernen will, muss die Zuabersumme den Grad des zu lernenden Spruchs erreichen. Auch hier lohnt es sich, hochgradige (Grad 30) Zauber m Anfan zu lernen, weil man später dafür evtl. keine ausreichende Zaubersumme mehr hat.
Lange Rede, kurzer Sinn: so wie es in den Regeln drin steht, ist es höchstwahrscheinlich richtig und gewollt. Man will die Möglichkeit geben, den Charakteren "Talent" für eine Sache mitzugeben, ohne dass das zu teuer wird. Sieh es als verbilligte Grundausstattung an.