Grundsätzlich lautet die (für dich sicher unbefriedigende) Antwort auf deine Frage:
Der Hintergrund von Coriolis gibt dir genug Freiheiten, so dass du die Schiffsintelligenz so gestalten kannst wie du möchtest. Da gibt es keine festen Vorgaben.
Wenn eine Schiffsintelligenz ein Besatzungsmitglied ersetzt, so erhält sie ja im notwendigen Attribut einen Wert von 1 und in der Fertigkeit einen Wert von 3.
Ich würde die Interaktion mit der Schiffsintelligenz also auf den Bereich beschränken, für den sie zuständig ist.
Meine spontanen Ideen für den Einsatz von exzentrischen KIs wären:
Sensoren: Die Intelligenz warnt die Besatzung vor neuen Schiffen in Sensor-Reichweite, beklagt sich aber manchmal darüber, dass sie die Waffensysteme des gegnerischen Schiffs nicht scannen kann, weil bei der letzten Wartung mal wieder geschlampt wurde. Hin und wieder lässt sie die Besatzung auch raten, ob auf dem führerlos dahintreibenden Raumschiff vor ihnen noch die Lebenserhaltungssysteme funktionieren oder nicht.
Waffen: Die Schiffsintelligenz meldet eifrig, dass ihre Waffensysteme bereit sind, jederzeit abgefeuert werden können und drängt die Besatzung dazu, endlich Feuerfreigabe zu erteilen. Eventuell wird auch ein anderes Schiff anvisiert als die Besatzung im Sinn hatte, da dies aus angeblich aus "taktischen Erwägungen" viel mehr Sinn macht.
Pilot: Das Schiff fliegt waghalsige Manöver und die Schiffsintelligenz gibt regelmäßig trocken die aktuellen Überlebenswahrscheinlichkeiten bekannt. Manchmal schlägt sie der Besatzung auch verschiedene Manöbver mit ihren jeweiligen Erfolgwahrscheinlichkeiten vor - eventuell noch mit dem Zusatz, dass Manöver B zwar ein extremes Risiko birgt, andererseits bei Erfolg auch einen neuen Spitzen-Rekord im Dritten Horizont aufstellen würde.
Maschinist: Das System stellt zwar zuverlässig die notwendigen Ressourcen zur Verfügung, vergisst aber ab und zu, dass die Besatzungsmitglieder auf Lebenserhaltungsssysteme oder Schwerkraft Wert legen. Diese "optionalen" Systeme werden gerne mal unangekündigt deaktiviert, wenn die Energie anderswo dringender gebraucht wird.
Wenn die Auswirkungen eindeutig negativ für die Besatzung sind, sollte der SL dafür dann aber auch Finsternispunkte ausgeben.